Ngày xưa ở Quận Cao Bình có vợ chồng Bác tiền phu Thạch Nghĩa tuổi đã cao mà không có con. Vợ chồng ngày đêm lo buồn, càng ra sức làm việc nghĩa, như khơi cống, đào mương, đắp đường, vét giếng, cùng lo nấu nước giúp cho người qua đường uống, để mong trời trông lại mà cho một mụn con. Quả nhiên, về sau Thạch Bà thụ thai, nhưng ba năm chưa đẻ. Giữa lúc đó, Thạch Ông mất, Thạch Bà sinh hạ một đứa con trai khôi ngô tuấn tú, đặt tên là Thạch Sanh. Sau đó mấy năm, Thạch Bà cũng mất, Thạch Sanh từ đó sống côi cút trong một túp lều dưới gốc đa, chỉ có một cái khố che thân và một cái búa đốn củi. Năm Thạch Sanh mười ba tuổi, Ngọc Hoàng sai tiên xuống dạy chàng đủ các môn võ nghệ, mọi phép thần thông.
Một hôm, có anh hàng rượu tên là Lý Thông đi ngang qua đó ghé lại nghỉ chân. Thấy Thạch Sanh khỏe mạnh, lại mồ côi, có thể lợi dụng được, bèn kết nghĩa làm anh em, rồi đưa Thạch Sanh về nhà.
Bấy giờ có một con trăn tinh thường bắt người ăn thịt, quan quân mấy lần vây đánh nhưng nó nhiều phép thần thông, nên không ai làm gì được; nhà vua đành truyền lập miếu thờ, và cứ hàng năm phải nộp cho nó một mạng người. Năm ấy đến lượt Lý Thông phải đi nộp mình. Mẹ con nghe tin, hoảng hốt, bàn định mưu kế đưa Thạch Sanh đi chết thay. Chiều hôm đó Thạch Sanh đi đốn củi về thì Lý Thông đãi rượu, rồi bảo:
– “Hôm nay có việc quan trọng, triều đình cắt phiên cho anh đi canh miếu thờ, ngặt vì anh trót cất mẻ rượu, sợ hỏng việc ở nhà; mong em chịu khó đi thay anh một đêm.” Thạch Sanh không nghi ngờ gì cả, thuận đi ngay.
Nửa đêm, giữa khu rừng, bỗng gió thổi cây rung, không khí lạnh buốt, Trăn tinh hiện ra, giơ vuốt nhe nanh, hà hơi tóe lửa, sấn đến định ăn thịt Thạch Sanh. Thạch Sanh bình tĩnh, hoá phép đánh nhau với Trăn tinh, hồi lâu thì yêu quái bị giết chết, hoá ra một con trăn lớn. Thạch Sanh chặt lấy đầu mang về. Ðến nhà thì hết canh ba. Thạch Sanh gọi cửa, mẹ con Lý Thông ngỡ là hồn Thạch Sanh hiện về báo oán, ở trong nhà mẹ con cứ lạy lục, khấn vái mãi. Thạch Sanh mới rõ dã tâm của hai người cố tình đưa mình đến chỗ chết, nhưng Sanh tánh hiền lành, không giận, vui vẻ kể chuyện giết trăn cho mẹ con Lý Thông nghe. Lý Thông nghe xong, nảy ra một mưu thâm độc. Nó dọa Thạch Sanh rằng Trăn tinh là của nhà vua nuôi xưa nay, bây giờ giết đi, tất thế nào cũng bị tội chết. Rồi khuyên Thạch Sanh trốn đi, để hắn ở nhà kiếm cách thu xếp trở về thôn cũ ở gốc đa. Còn Lý Thông thì đêm ngày trẩy kinh, tâu vua đã trừ được Trăn tinh và hắn được Vua phong chức đô đốc.
Bấy giờ công chúa con vua muốn kén phò mã, bảng yết khắp dân gian, điệp gửi cùng các nước, nhưng không chọn được ai vừa ý. Một hôm công chúa đi dạo vườn hoa, bỗng con yêu tinh Ðại bàng sà xuống cắp đi mất. Tình cờ đại bàng bay ngang trên cây đa có Thạch Sanh đang ngồi thẫn thờ dưới gốc cây. Thạch Sanh thấy vậy, liền gương cung bắn một phát trúng ngay vào cánh. Nhưng đại bàng rút tên ra rồi tiếp tục bay đi, Thạch Sanh lần theo vết máu đỏ, thấy đại bàng chui vào một cái hang rất kiên cố. Chàng đánh dấu lối vào hang và trở về.
Khi nghe tin công chúa bị yêu quái cắp đi mất tích nhà vua đau lòng xót ruột, truyền cho lý Thông đi tìm, hứa tìm được sẽ gả công chúa và truyền ngôi cho. Lý Thông vừa mừng vừa lo, bèn lập mưu mở hội hát xướng trong mười ngày, sức cho nhân dân đến xem mục đích để dò hỏi nghe ngóng tin tức. Tám chín ngày đã qua, mà không nghe ai nói một lời gì về chuyện đại bàng bắt người cả. Tin Lý Thông mở hội hát xướng đồn đến tai Thạch Sanh, chàng lần về thăm, gặp Thạch Sanh, Lý Thông tỏ mối lo không tìm được công chúa. Thạch Sanh thật thà mà kể lại về việc bắn trúng cánh chim. Lý Thông mừng lắm, lập tức nhờ Thạch Sanh dẫn đường, mang lính đến nơi sào huyệt của yêu quái. Thạch Sanh tình nguyện xuống hang tìm công chúa hộ bạn. Quả nhiên gặp công chúa ở đó, Thạch Sanh bèn lấy thuốc mê, bảo công chúa đưa cho đại bàng uống. Ðoạn Thạch Sanh buộc công chúa vào dây, ra hiệu cho Lý Thông ở ngoài hang kéo lên. Xong chàng sửa soạn lên theo, nhưng Lý Thông đã ra lệnh cho quân lính lấp kín hang lại mất rồi. Giữa lúc đó thì đại bàng tỉnh lại. Thấy mất công chúa, hắn nổi giận lôi đình gầm lên, vách đá ầm ầm rung chuyển. Nhưng Thạch Sanh hoá phép đánh nhau với nó, cuối cùng đại bàng bị giết chết, Thạch Sanh mò tìm lối ra, đi đến một nơi, chàng thấy có một cũi sắt trong giam một người con trai. Thì ra đó là thái tử con vua Thủy Tề, bị đại bàng giam đã ngót một năm. Thạch Sanh lấy cung vàng bắn tan cũi sắt, cứu thái tử ra. Thái tử mời Thạch Sanh về thủy cung để vua cha được đền ơn. Vua Thủy Tề mừng lắm, tặng Thạch Sanh vô số vàng bạc châu báu, nhưng chàng đều từ chối không nhận, chỉ nhận lấy một cây đàn. Xong rồi từ giã vua và thái tử, lên trần gian, về chốn cũ ở gốc đa.
Bấy giờ hồn Trăn tinh và Ðại bàng, khổ sở đói khát, đi thang lang, thất thểu, tình cờ gặp nhau, bèn bàn định mưu kế trả thù Thạch Sanh. Chúng lẻn vào kho vua ăn trộm ngọc ngà châu báu, rồi mang về để ở gốc đa, chỗ của Thạch Sanh. Thạch Sanh bị bắt hạ ngục.
Nói về công chúa, từ khi lên khỏi hang, chờ Thạch Sanh lên. Thấy Lý Thông đã lấp mất cửa hang, uất ức lên mà hóa câm. Khi trở về cung, ai hỏi gì nàng cũng không nói. Vua buồn rầu sai Lý Thông lập đàn cầu nguyện, nhưng đàn lập đã một tháng mà công chúa vẫn không nói được. Kịp đến cho Thạch Sanh bị bắt giao cho Lý Thông xét sử, thì Lý Thông bèn định tâm giết đi cho khỏi lo ngại về sau. Ngồi trong ngục. Thạch Sanh buồn tình lấy đàn ra gẩy, Không ngờ cây đàn ấy lại là đàn thần. Gẩy đến đâu đàn kể lể đến đó, nó kể rõ đầu đuôi câu chuyện, nó tố cáo tội ác của Lý Thông, nó oán trách sự hờ hững của công chúa. Nó kêu lên, nó rền rĩ, ngân nga trong cung này đến cung nọ. Công chúa ngồi trên lầu, nghe tiếng đàn bỗng reo mừng, cười nói, xin vua cha cho gọi người gẩy đàn. Vua đòi Thạch Sanh kể lại sự tình cho vua nghe, từ khi mồ côi cha mẹ, học phép tiên, kết bạn với Lý Thông, khi chém Ttrăn tinh, khi bắn đạ bàng, cứu công chúa và bị lấp cửa hang. Khi cứu con vua thuỷ tề, khi bị hồn yêu tinh vu oan giáo hoạ.
Vua liền truyền lệnh hạ ngục mẹ con Lý Thông, và giao cho Thạch Sanh được toàn quyền xử định. Thạch Sanh thương tình cho hai mẹ con Lý Thông trở về làng, nhưng dọc đường hai mẹ con gặp trận mưa giông và cả hai đều bị sét đánh chết.
Kế đó, vua cho Thạch Sanh kết hôn cùng công chúa, tin ấy truyền đi, thái tử mười tám nước chư hầu trước đã ôm hận vì bị công chúa ruồng rẫy, nay vua gả cho một thằng khố rách áo ôm, liền cất binh mã đến hỏi tội.Vua sai Thạch Sanh ra dẹp giặc. Khi giáp trận, Thạch Sanh lại đem cây đàn của mình ra gẩy. Tiếng đàn khi khoan khi nhặt, êm ấm lạ thường, khiến cho quân địch phải xúc động, người thì bồi hồi thương con, thương vợ, kẻ thì bâng khuâng nhớ tới quê hương ,không một ai còn nghĩ tới chiến đấu nữa. Thái tử mười tám nước chư hầu thấy thế khiếp sợ vội vàng xin hàng, Thạch Sanh dọn một liêu cơm nhỏ cho chúng ăn, nhưng chúng ăn mãi không hết. Chúng càng phục Thạch Sanh rập đầu lậy tạ kéo nhau về nước.
Vua liền làm lễ nhường ngôi cho Thạch Sanh. Khi lên ngôi công việc đầu tiên của Thạch Sanh là xóa thuế, phóng thích tù nhân, và khuyến khích muôn dân trăm họ theo nghề nông trang.Từ đó, nhân dân mới được yên ổn làm ăn nhà nhà được no ấm đông vui.